Howto Migration Debian 11 (Bullseye) vers Debian 12 (Bookworm)

Release Notes amd64 : https://www.debian.org/releases/bookworm/amd64/release-notes/

Debian Bookworm

Debian Bookworm aka Debian 12 est la dernière version majeure de Debian publiée. Dans les changements notables de la distribution, on note :

Apache : 2.4.X → 2.4.Y (suivi des versions amont)
Serveur DNS BIND : 9.16 → 9.18
Cryptsetup : 2.3 → 2.6.1
Dovecot MTA : 2.3.13 → 2.3.19
GCC : 10.2 → 12.2
GnuPG : 2.2.20 → 2.2.40
Bibliothèque C GNU : 2.31 → 2.36
Image du noyau Linux : Série 5.10 → série 6.1
MariaDB : 10.5 → 10.11
Nginx : 1.18 → 1.22
OpenJDK : 11 → 17
OpenSSH : 8.4p1 → 9.2p1
Perl : 5.32 → 5.36
PHP : 7.4 → 8.2
Postfix MTA : 3.5 → 3.7
PostgreSQL : 13 → 15
Python 3 : 3.9.1 → 3.11.2
Samba : 4.13 → 4.17
Tomcat : 9.0.43 → 9.0.70 ou 10.1.X (suivi des versions amont)
Vim : 8.2 → 9.0
LibreOffice : 7.0 → 7.4
Scribus : 1.5.6 → 1.5.8
NodeJS (NodeSource) : au moins 18

Actions préalables

Nous conseillons quelques actions qui aideront en cas de problème.

Si le script Evolix dump-server-state est disponible, exécutez le avant la mise à jour :

# dump-server-state --verbose --force --dump-dir /home/backup/bullseye-$(date +%s) --all

Sinon, vous pouvez faire certaines opérations manuellement

Sauvegarder localement certaines ressources (dans /home/backup/bullseye par exemple)

# cat before-upgrade.sh

cd /etc
git add .
git commit -am "Commit balai avant upgrade en Bookworm"
backup_dir="/home/backup/bullseye-$(date +%s)"
mkdir -p ${backup_dir}
cd ${backup_dir}
cp -r /etc ./
mkdir -p var/lib/apt
cp -r /var/lib/dpkg ./var/lib/
cp -r /var/lib/apt/extended_states ./var/lib/apt/
dpkg --get-selections "*" > ./current_packages.txt
uptime > uptime.txt
ps auwx > ps.out
pstree -pan > pstree.out
ss -tanpul > listen.out
if [ -f /root/.mysql_history ]; then cp -a /root/.mysql_history /root/.mysql_history.bak; fi

Mise à jour du système

Éditer les dépôts dans /etc/apt/sources.list et /etc/apt/sources.list.d/*.list pour remplacer bullseye par bookworm.

# sed --follow-symlinks --in-place 's/bullseye/bookworm/g' /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.d/*.list

Résultat dans les fichiers sources.list conseillés.

S’il y a des backports… les désactiver car en général ils ne sont plus nécessaires !

Puis mettre à jour le cache APT avec la commande :

# apt update

Commencer par télécharger l’ensemble des paquets qui devront être installés (afin de limiter le temps effectif d’installation).

# apt full-upgrade --download-only

Attention, si il y a des instances LXC, il faut les stopper avant la mise à niveau !

Faire ensuite une mise à niveau sans nouveaux paquets, pour appliquer les mises à jour triviales :

# apt upgrade --without-new-pkgs

Faire ensuite une mise à niveau avec nouveaux paquets mais sans désinstallations :

# apt upgrade --with-new-pkgs

TODO: à vérifier

Attention, si MySQL/MariaDB est installé, il faut stopper les instances supplémentaires car non gérées lors de la mise à jour (et cela va casser avec There is a MySQL server running, but we failed in our attempts to stop it) :

# mysqld_multi stop

Ensuite, appliquer les mises à jour non triviales (nécessitant des changements de paquets dépendants, des suppressions…) afin d’avoir un œil plus précis sur ce qui sera fait, avant de valider :

# apt full-upgrade

Puis lancer le nettoyage des vieux paquets en lisant attentivement la liste… en cas de doute, réinstaller le paquet !

# apt autoremove

Nettoyage supplémentaire (et facultatif)

Certains paquets (comme phpX.Y-*) ne sont pas supprimés par apt autoremove alors qu’ils ne sont plus dans les dépôts Debian. Lister et supprimer ces paquets avec les commandes suivantes, attention aux dépendances :

apt list '~o'
apt remove '~o'
# Ou pour supprimer toutes les traces :
apt purge '~o'

Enfin, il faut redémarrer sur le nouveau noyau Linux installé :

# reboot

PATH / su

Lorsque l’on utilise su cela ne change plus automatiquement le PATH. Soit il faut prendre l’habitude faire su -, soit il faut ajouter ALWAYS_SET_PATH yes dans le fichier /etc/login.defs (mais cela génère un message d’erreur pour un certain nombre d’applications…).

Pour plus d’informations, voir /usr/share/doc/util-linux/NEWS.Debian.gz ou http://bugs.debian.org/918754

Nagios NRPE

Checks pressure PSI

Activer les checks pressure_cpu, pressure_io et pressure_mem de Nagios, disponibles seulement à partir de Bookworm.

Overwrite `/etc/nagios/nrpe.cfg` ?

/etc/nagios/nrpe.cfg peut être écrasé sans risque si les modifications sont celles faites pour l’installation de monitoringctl : checks commentés et/ou ajout de alerts_wrapper aux checks.

On peut le vérifier avec la commande :

cd /etc; git log -p /etc/nagios/nrpe.cfg

MariaDB / MySQL

`mysql_upgrade`

Normalement, le script postupgrade du paquet joue le script mysql_upgrade pour mettre a jour les tables, vues… suite à un upgrade majeur. Cependant, si le datadir est volumineux, il le saute (c’est visible dans les logs MySQL) et il faut le faire à la main :

# mysql_upgrade

S’il y a plusieurs instances, il faut l’exécuter pour chacune avec le port en argument : mysql_upgrade -p $port

Connexion à MySQL

Si des scripts (par exemple de backup) se connectent à MySQL via le port, il faut les mettre-à-jour.

Par exemple, remplacer -P 3306 par --protocol=socket -S /run/mysqld/mysqld.sock.

Historique

Note : La commande a été ajoutée ci-dessus dans la section « Actions préalables »

La bibliothèque qui gère l’historique a changé dans MariaDB 10.5, c’est libedit qui est utilisé désormais. Ce changement fait que lors de la mise à jour de MariaDB 10.3 à 10.5, le fichier .mysql_history est effacé, on sauvegardera le fichier avant la mise à jour :

cp -a /root/.mysql_history /root/.mysql_history.bak

PHP

U11-12.S001 : Migrer configurations et paquets vers PHP 8.2

Il faut forcer le passage à PHP 8.2 :

# apt remove libapache2-mod-php8.0 && a2enmod php8.2 && /etc/init.d/apache2 restart

Puis nettoyer les anciens paquets php8.0-* et réinstaller les paquets PHP 8.2 correspondants.

Il faut également reprendre les directives de configuration de PHP 8.0 et les reporter en PHP 8.2 : memory_limit, max_*, etc.

PHPMyAdmin

U11-12.S002 : le retour de PHPMyAdmin en paquet

PHPMyAdmin a fait son retour dans les paquets Debian. Si vous l’aviez installé par les sources en Debian 10, vous pouvez le désinstaller et remettre le paquet.

LXC

LXC et AppArmor

TODO: à vérifier, probablement toujours d’actualité

Si des conteneurs LXC sont configurés, il faut installer lxc-templates et apparmor afin d’installer des configurations nécessaires à leur fonctionnement.

Et il faut mettre à jour la config de tous les conteneurs :

# lxc-update-config -c /var/lib/lxc/foo/config

AppArmor peut causer des problèmes de re-montage de devices dans les conteneurs LXC. Pour le désactiver pour les conteneurs :

# vim /var/lib/lxc/$container_name/config
+ lxc.apparmor.profile = unconfined
# systemctl restart lxc

LXC et cgroupv2

Sous Bullseye la version de la hiérarchie cgroup par défaut est passé à cgroupv2 au lieu de la hiérarchie hybride.

Cela ne pose pas de problème en soi pour LXC, qui supporte cgroupv2 sous Bullseye mais cela peut provoquer des problèmes pour les conteneurs dont l’init dépend de cgroupv1 (tel que Debian 8), dans le cas où le support pour ces conteneurs est nécessaire il faut modifier la ligne de commande du noyau Linux de l’hôte en changeant /etc/default/grub:

- GRUB_CMDLINE_LINUX=""
+ GRUB_CMDLINE_LINUX="systemd.unified_cgroup_hierarchy=false systemd.legacy_systemd_cgroup_controller=false"

puis régénérer la configuration de Grub :

grub-mkconfig -o /boot/grub/grub.cfg

(Ou simplement via dpkg-reconfigure grub-pc)

PostgreSQL

Attention, il faut bien identifier les versions de PostgreSQL, et voir si on utilise la version des dépôts Debian ou PGDG

Il faut lire très très attentivement la procédure suivante (risque de perte des données si on se trompe de version) :

Procédure mise à jour du Howto PostgreSQL

usrmerge

Les installations fraîches de Debian Bookworm (ainsi que Bullseye et Buster) ont un /usr fusionné.
Les répertoires /{bin,sbin,lib}/ deviennent des liens symboliques vers /usr/{bin,sbin,lib}/.
Si on veut faire la fusion il faut installer le paquet usrmerge.

# apt install usrmerge

Écosystème Ruby on Rails

TODO: à vérifier, probablement toujours d’actualité

On peut avoir des erreurs avec des gems.

bundle[3404]: LoadError: libmariadbclient.so.18: cannot open shared object file: No such file or directory -

Il faut mettre à jour si le projet utilise bundle.

$ RAILS_ENV=production bundle install --redownload

Logcheck

Dans bookworm, le nouveau comportement par défaut est de vérifier le journal. On le désactive pour éviter que les mails de logcheck soient bloqués car trop volumineux en commentant la ligne journal dans /etc/logcheck/logcheck.logfiles.d/journal.logfiles.

Squid

TODO: à vérifier, probablement obsolète

Il faut s’assurer d’avoir l’override systemd.

# systemctl edit squid
# systemd override for Squid
[Service]
ExecStart=
ExecStart=/usr/sbin/squid -sYC -f /etc/squid/evolinux-defaults.conf
# systemctl daemon-reload
# systemctl restart squid

libvirt

TODO: à vérifier, probablement toujours d’actualité

Errors were encountered while processing:
 libvirt-daemon-system

Il faut stopper virtlogd-admin.socket puis relancer l’upgrade.

# systemctl stop virtlogd-admin.socket
# apt install -f

Postfix

Il faut assurer que smtpd_relay_restrictions soit présent dans /etc/postfix/main.cf. Si l’option n’est pas présente, ajouter :

smtpd_relay_restrictions = permit_mynetworks permit_sasl_authenticated defer_unauth_destination

ProFTPD

TODO: à vérifier, probablement obsolète

La version 1.3.6 a un bug pour lister les répertoires avec plus de 10k fichiers : https://github.com/proftpd/proftpd/issues/863 Un contournement est de désactiver le “cachefs” de ProFTPD comme suggéré ici : http://bugs.proftpd.org/show_bug.cgi?id=4360#c14

Bind

En cas de souci de redémarrage de Bind, voir : https://wiki.evolix.org/HowtoBind#probl%C3%A8mes-de-permissions-avec-chroot

Shelldap

Pour que shelldap demande la saisie du mot de passe, il est nécessaire de modifier la configuration (généralement ~/.shelldap.rc), en ajoutant la ligne suivante :

[…]
promptpass: 1
[…]

ldapsearch (ldap-utils)

Les commandes du package ldap-utils comme ldapsearch, ldapadd etc. n’accepte plus l’option -h SERVEUR ! Il faut remplacer par -H ldap://SERVEUR (ou quelque chose approchant).

bkctld

bkctld est la partie serveur de l’outil de backup Evobackup développé par Evolix.

Les version de bkctld antérieures à la 2.12.0 peuvent être désinstallées par la mise à jour à cause de dépendances non satisfaites. Il suffit de réinstaller la dernière version de bkctld.

Check_rabbitmq en erreur, module requests introuvable

Le check rabbitmq que nous utilisons pour notamment le check icinga rab_connection_count est en python2, et certains module python2 ne sont plus disponible en debian 11 :

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/lib/nagios/plugins/check_rabbitmq", line 6, in <module>
    import requests
ImportError: No module named requests

Pour le check rab_connection_count nous n’avons pas besoin des appels au modules request, on peux donc commenter le module dans le script `/usr/local/lib/nagios/plugins/check_rabbitmq``:

-import requests
+#import requests

rsyslog

Il est possible que le service rsyslog ne démarre plus à cause de la ligne de configuration suivante dans le fichier /etc/rsyslog.conf :

*.emerg                                *

Dans ce cas-là, il faut la remplacer par cette ligne :

*.emerg                                :omusrmsg:*

Rotation des logs rsyslog non fonctionnelle

Le script d’init /etc/init.d/rsyslog n’existe plus. Si logrotate est configuré avec des scripts de postrotate utilisant /etc/init.d/rsyslog il faut remplacer cette utilisation par une utilisation de /usr/lib/rsyslog/rsyslog-rotate.

NodeJS

Pour rappel, nous utilisons les packages NodeSource, donc il est important de bien configurer la source NodeSource avec une version au minimum 18 et s’assurer d’avoir un package NodeSource et non debian.org :

# dpkg -l nodejs
ii  nodejs         18.20.8-1nodesource1 amd64        Node.js event-based server-side javascript engine

Howto Migration Debian 11 (Bullseye) vers Debian 12 (Bookworm)

Debian Bookworm

Actions préalables

Mise à jour du système

PATH / su

Nagios NRPE

Checks pressure PSI

Overwrite /etc/nagios/nrpe.cfg ?

MariaDB / MySQL

mysql_upgrade

Connexion à MySQL

Historique

PHP

U11-12.S001 : Migrer configurations et paquets vers PHP 8.2

PHPMyAdmin

U11-12.S002 : le retour de PHPMyAdmin en paquet

LXC

LXC et AppArmor

LXC et cgroupv2

PostgreSQL

usrmerge

Écosystème Ruby on Rails

Logcheck

Squid

libvirt

Postfix

ProFTPD

Bind

Shelldap

ldapsearch (ldap-utils)

bkctld

Check_rabbitmq en erreur, module requests introuvable

rsyslog

Rotation des logs rsyslog non fonctionnelle

NodeJS

Overwrite `/etc/nagios/nrpe.cfg` ?

`mysql_upgrade`